成都大熊猫繁育研究基地2024年测试服务采购项目公开招标更正公告（第二次）

序号

更正前

更正后

1

第1项“大熊猫血液全基因组甲基化分析”

服务要求由“采用高通量测序技术；测序深度：6G”

更正为“采用高通量测序技术；测序深度：**G”

2

第2项“大熊猫粪便宏基因组学检测”

服务要求由“采用高通量测序技术；测序深度：6G”

更正为“根据采购人提供的动物粪便样品进行DNA提取，构建文库（文库有效浓度＞3nM），采用高通量测序技术；测序深度：6G；数据分析流程包括：1)数据质控；2)Metagenome组装；3)基因预测；4)物种注释；5)进行代谢通路（KEGG），碳水化合物酶（CAZy）的功能注释和丰度分析；6)基于物种丰度表和功能丰度表，可以进行丰度聚类分析，PCA和NMDS降维分析，Adonis和ANOSIM分析，样品聚类分析；7)抗性基因注释，获得抗性基因丰度分布情况以及这些抗性基因的物种归属和与大熊猫挥发性信外激素形成的抗性机制。”

3

第3项“大熊猫样品转录组学检测”

服务要求由“根据采购人提供的样品进行RNA提取，进行转录组测序和生物信息学分析，Q** ≥**%。文库类型：普通转录组文库；测序策略：PE**0，测序数据量（Clean data）：6G，分析内容：可变剪切分析、新转录本预测、SNP/InDel分析、基因表达水平分析、样本间基因表达水平的相关性分析、基因差异表达分析、差异表达基因的GO及KEGG富集分析、差异表达基因的蛋白质互作网络分析、差异表达基因中的转录因子鉴定。”

更正为

“根据采购人提供的样品进行RNA提取，进行转录组测序和生物信息学分析，Q** ≥**%。文库类型：普通转录组文库；测序策略：PE**0，测序数据量（Clean data）：6G，分析内容：可变剪切分析、新转录本预测、基因表达水平分析、样本间基因表达水平的相关性分析、基因差异表达分析、差异表达基因的GO及KEGG富集分析、差异表达基因的蛋白质互作网络分析、差异表达基因中的转录因子鉴定。”

4

第5项“尿液、粪便和血液短链脂肪酸、中长链脂肪酸及游离脂肪酸检测”

服务名称由“尿液、粪便和血液短链脂肪酸、中长链脂肪酸及游离脂肪酸检测”

服务要求由“根据采购人提供的样品进行检测，对短链脂肪酸、中长链脂肪酸、游离脂肪酸的定性和绝对定量分析。检测模式：scan模式或sim模式；检测精度：≤0.1 mg/L；线性：R2≥0.**；精密度：RSD≤**%。

1.需包括针对不同脂肪酸进行开发的kit，能够同时对短链脂肪酸、中长链脂肪酸和游离脂肪酸进行绝对定量分析,使用GC- MS/MS。

2.利用QC质控样本对检测过程中的仪器状态进行监控和脂肪酸标准品对保留时间进行校正，对定量结果的可靠性进行多重保障。

3.运用内标法并进行绝对定量，保证有效消除基质效应，提高定量结果的准确性。

4.常规实验描述：包括实验名称、报告时间、样品基本信息、实验原理、实验仪器、实验方法描述和实验结果。

5.图谱：标准品TIC图谱，每组样本其中一个样本的TIC图谱。

6.方法学和标准曲线：提供LOQ，线性范围，线性公式。

7.生物学样本中代谢物检测数据及图谱：代谢物的保留时间（RT）和定量离子（m/z），色谱峰面积（原始强度值），根据标准曲线计算得到的代谢物浓度值，两组样本比较的比值，ttest p 值。”

服务名称更正为“尿液、粪便和血液短链脂肪酸、中长链脂肪酸检测”

服务要求更正为

“根据采购人提供的样品进行检测，对短链脂肪酸、中长链脂肪酸的定性和绝对定量分析。检测模式：scan模式或sim模式；检测精度：≤0.1 mg/L；线性：R2≥0.**；精密度：RSD≤**%。

1.需包括针对不同脂肪酸进行开发的kit，能够同时对短链脂肪酸、中长链脂肪酸进行绝对定量分析。

2.利用QC质控样本对检测过程中的仪器状态进行监控和脂肪酸标准品对保留时间进行校正，对定量结果的可靠性进行多重保障。

3.运用内标法并进行绝对定量，保证有效消除基质效应，提高定量结果的准确性。

4.常规实验描述：包括实验名称、报告时间、样品基本信息、实验原理、实验仪器、实验方法描述和实验结果。

5.标准品提取离子流色谱图。

6.方法学和标准曲线：提供LOQ，线性范围，线性公式。

7.生物学样本中代谢物检测数据及图谱：代谢物的保留时间（RT）和定量离子（m/z），色谱峰面积（原始强度值），根据标准曲线计算得到的代谢物浓度值，两组样本比较的比值，ttest p 值。”

5

第6项“血液、尿液和粪便靶向代谢测定（至少包括脂质组、胆汁酸、花生四烯酸等）”

服务名称由“血液、尿液和粪便靶向代谢测定（至少包括脂质组、胆汁酸、花生四烯酸等）”

服务要求由“1.专门针对各靶向代谢物进行开发的kit，脂质代谢物数量****+，能够至少同时对各种靶向代谢物进行绝对定量分析。

2.利用QC质控样本对检测过程中的仪器状态进行监控和靶向代谢物标准品对保留时间进行校正，对定量结果的可靠性进行多重保障。

3.运用同位素内标法并进行绝对定量，同位素内标**+，保证有效消除基质效应，提高定量结果的准确性。

4.常规实验描述：包括实验名称、报告时间、样品基本信息、实验原理、实验仪器、实验方法描述和实验结果及分析结论。

5.系统稳定性数据及图谱：代谢物的MRM方法参数（Q1和Q3），QC样本的保留时间，色谱峰面积，面积相对标准偏差（RSD），标准品XIC图谱。

6.生物学样本中代谢物检测数据及图谱：至少包括保留时间，色谱峰面积（原始强度值），两组样本较的比值，test p 值；聚类热图，变化趋势图（折线图或者箱线图），脂质类别分析，链长度，链饱和度分析等。”

服务名称更正为“血液、尿液和粪便靶向代谢测定（至少包括胆汁酸、花生四烯酸等）”

服务要求更正为

“1.专门针对各靶向代谢物进行开发的kit，能够至少同时对各种靶向代谢物进行绝对定量分析。

2.利用QC质控样本对检测过程中的仪器状态进行监控和靶向代谢物标准品对保留时间进行校正，对定量结果的可靠性进行多重保障。

3.运用同位素内标法并进行绝对定量，同位素内标**+，保证有效消除基质效应，提高定量结果的准确性。

4.常规实验描述：包括实验名称、报告时间、样品基本信息、实验原理、实验仪器、实验方法描述和实验结果及分析结论。

5.系统稳定性数据及图谱：代谢物的MRM方法参数（Q1和Q3），QC样本的保留时间，色谱峰面积，面积相对标准偏差（RSD），标准品XIC图谱。

6.生物学样本中代谢物检测数据及图谱：至少包括保留时间，色谱峰面积（原始强度值），两组样本较的比值，test p 值；聚类热图，变化趋势图（折线图或者箱线图）等。”

6

第**项“大熊猫组织样品库平台搭建”

服务要求由“Hi-C文库构建测序；每个个体不低于**0G（**×）的数据量；利用juicer软件运行后的有效利用率不低于**%；远距离互作（≥**Kb）的比例不低于**%。”

更正为

“Hi-C文库构建测序；每个个体不低于**0G（**×）的数据量；数据有效利用率不低于**%；远距离互作（≥**Kb）的比例不低于**%。”

7

第**项“宏基因组学检测”

服务要求由“1.仪器设备平台要求：

供应商需要自行准备的仪器至少包括Agilent生物分析仪、PCR仪、Illumina Novaseq XPlus测序平台，DNBSEQ-T7测序平台，并能同步开展多组学项目。

2.技术要求：

1) DNA质量合格。建议起始量：0.2μg；最低起始量：0.1μg

2) 主带清晰。如DNA降解严重但是降解片段集中于****bp以上（包括本数），经采购人同意可进行风险建库

3) 浓度：> ** ng/μL

3.数据产出质量和数量要求：

1) 所有样本平均产出≥最终规格

2）数据质量Q**>**%，Q**>**％

3) N**≥****

4.检测周期：

收到样品后不超过**个自然日

5.结果交付：

1）分析结果包含

1.1 数据质控统计表

1.2 有效数据统计

1.3 Alpha多样性分析，Beta多样性分析，物种注释与优势菌展示，物种差异分析”

更正为

“对采购人提供的多个物种的粪便、组织、水源等样本进行分析。
1、仪器设备平台：
供应商需要自行准备的仪器至少包括生物分析仪、PCR仪、二代或三代测序平台，并能同步开展多组学项目。
2、质检合格要求：
1)DNA质量合格，总量满足要求。建议起始量：0.2μg；最低起始量：0.1μg
2)主带清晰。如DNA降解严重但是降解片段集中于****bp以上，经客户同意可进行风险建库
3)浓度：>**ng/μL
3、数据产出质量和数量要求：
1)所有样本平均产出≥最终规格
2）数据质量Q**>**%，Q**>**％
3)N**≥****
4、检测周期：
收到样**个自然日
5、结果交付：
1）标准分析结果包含
1.1数据质控统计表
1.2有效数据统计
1.3Alpha多样性分析，Beta多样性分析，物种注释与优势菌展示，毒力基因注释，物种差异分析，微生物种群结构分析。”

8

第**项“非靶向蛋白组（含高丰度蛋白检测）”的服务要求更正为：“针对样本进行相对定量（常规+全扫描），常规非靶向定量分析使用液质联用（LC-MS/MS)技术，基于鸟枪法（shotgun）的数据采集方式。全扫描定量分析采用DIA（data-independent acquisition）技术(包括预实验评估和自建库)。质谱性能要求如下：仪器参数：全扫描MS：**0fg 上柱量利血平的S/N为**0：1、SIM：** fg 上柱量利血平的S/N为**0：1，分辨率为**0,**0 @ m/z **0，扫描速度为** Hz；分析平台（常规）：用软件Mascot2.2和Proteome Discoverer1.4进行查库鉴定及定量分析；分析平台（全扫描）：Proteome Discoverer 2.2进行搜库，数据处理采用Spectronaut TM Pulsar；拥有质谱仪，具备自主蛋白提取，质谱测序等实验条件。”

更正为

“针对样本进行相对定量（常规+全扫描），常规非靶向定量分析使用液质联用（LC-MS/MS)技术，基于鸟枪法（shotgun）的数据采集方式。全扫描定量分析采用DIA（data-independent acquisition）技术(包括预实验评估和自建库)。质谱性能要求如下：仪器参数：全扫描MS：**0fg 上柱量利血平的S/N为**0：1、SIM：** fg 上柱量利血平的S/N为**0：1，分辨率为**0,**0 @ m/z**0，扫描速度为** Hz；分析平台（常规）：对数据进行查库鉴定及定量分析；自行准备质谱仪，具备自主蛋白提取，质谱测序等实验条件。”

9

第**项“土壤样品理化性质检测”

服务要求由“至少检测土壤眼皮碳、氮、磷、钾等基础理化性质”

更正为“至少检测土壤的碳、氮、磷、钾等基础理化性质”

**

第**项“STR分型”

服务要求由“1.分子量内标清晰、无错配，SQ值和PQVs值必须通过检测。

2. 须提供原始的.fsa文件以供查询，同时提交分型EXCEL汇总表和PDF分型图。”

更正为

“1.对特定STR位点测量分析，分子量内标清晰、无错配，SQ值和 PQVs值必须通过检测。2.须提供原始的.fsa文件以供查询，同时提交分型EXCEL汇总表和PDF分型图。”

**

第**项“宏基因组建库测序”

服务要求由“根据样品进行DNA提取，进行宏基因组测序和生物信息学分析，Q** ≥**%。测序数据量（Clean data）：**G，分析内容：样本间基因表达水平的相关性分析、基因差异表达分析、差异表达基因的GO及KEGG富集分析、差异表达基因的蛋白质互作网络分析、差异表达基因中的转录因子鉴定等。包括个性化分析。”

更正为

“对采购人提供的多个物种的粪便及土壤等样本（根据野外样本具体采集情况确定）进行宏基因组建库测序，包含提取、库建、测序和分析。测序数据量（Cleandata）：**G/样本，Q**>**%，Q**≥**%；分析内容：Metagenome组装、基因预测及丰度分析、物种注释及统计、常用功能数据库注释等常规分析，以及其他根据实验设计开展的个性化分析。”

**

第**项“全基因组重测序（遗传变异挖掘）”

服务要求由“检测多种变异：单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel）、结构变异（SV）、拷贝数变异（CNV）等基因组信息。检测所有的基因组区域，而不只是局限于蛋白质编码区域，包含基本分析和高级分析。原始数据整理，过滤和质量评估CS-WGR-**1.SV结构变异和注释；基因组匹配与数据统计CS-WGR-**2.CNV拷贝数差异分析；SNPs检测及注释 Indels检测及注释。”

更正为

“检测多种变异：单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel）、结构变异（SV）、拷贝数变异（CNV）等基因组信息。检测所有的基因组区域，而不只是局限于蛋白质编码区域；原始数据整理，过滤和质量评估，结构变异分析和注释；基因组匹配与数据统计、拷贝数差异分析；SNPs检测及注释，Indels检测及注释及相关高级分析。”